Uma das principais atividades da cooperativa, é o processamento de grãos, que inclui fábricas de soja, trigo e milho, além de quatro fábricas de rações Nutrialfa.

A indústria de soja da Cooperalfa está presente no Complexo Industrial Alfa em Chapecó, Santa Catarina. O complexo possui alta capacidade produtiva e reúne as melhores tecnologias disponíveis no mercado. Do processamento saem o óleo degomado, farelo e casca de soja.